ക്ഷേത്രത്തിൽ മേൽശാന്തി മാറ്റച്ചടങ്ങ് തിങ്കളാഴ്ച രാത്രി നടക്കും. അത്താഴപ്പൂജയും തൃപ്പുകയും കഴിഞ്ഞ് നിലവിലെ മേൽശാന്തി പള്ളിശ്ശേരി മധുസൂദനൻ നമ്പൂതിരി ശ്രീലകം അടയ്ക്കും. സ്ഥാനചിഹ്നമായ താക്കോൽക്കൂട്ടങ്ങൾ വെള്ളി കുംഭത്തിലാക്കി നമസ്കാര മണ്ഡപത്തിൽ സമർപ്പിക്കും. ശ്രീ ഗുരുവായൂരപ്പനെ നമസ്കരിച്ച ശേഷം ക്ഷേത്രം വിട്ടുമടങ്ങും.
തുടർന്നു പുതിയ മേൽശാന്തി പുതുമന റുമന ശ്രീജിത്ത് നമ്പൂതിരി സ്ഥാനമേൽക്കും. മേൽ ശാന്തിമാറ്റച്ചടങ്ങ് കാരണം തിങ്കളാഴ്ച രാത്രി ചുറ്റുവിളക്ക് ഉണ്ടാകില്ല. ഒക്ടോബർ ഒന്നുമുതൽ മാർച്ച് 31 വരെയുള്ള ആറുമാസമാണ് മേൽശാന്തി കാലാവധി. ക്ഷേത്രത്തിൽ കീഴ്‌ശാന്തിക്കാരുടെ വക ഞായറാഴ്ച രാത്രി അത്താഴസദ്യയുണ്ടായി.
